Dinas Ketahanan Pangan Nusa Tenggara Timur dibentuk berdasarkan Qanun Aceh Nomor 5 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah Aceh. Sejak awal berdiri, dinas ini fokus pada peningkatan produksi pangan, distribusi, dan konsumsi pangan masyarakat Provinsi Nusa Tenggara Timur.
Pada tahun 2020, dinas ini mengalami perubahan nomenklatur dan diperluas fungsinya mencakup keamanan pangan segar serta penguatan cadangan pangan daerah. Hingga kini, Dinas Ketahanan Pangan Nusa Tenggara Timur terus berkomitmen mewujudkan kemandirian pangan di Provinsi Nusa Tenggara Timur.